Clade
Name
Primer Name
Sequence
bp
Amplicon Size (bp)
Tm (°C)
S NS8_ 28144_ T to C NS8_1_F GTGGATGAGGCTGGTTCTAA 20 217 54.6
NS8_1_R TGGGGTCCATTATCAGACAT 20 53.6
V NS3_ 26144_G to T NS3_3_F CTGGTGTTGAACATGTTACCTT 20 209 53.2
NS3__3_R CTCTTCCGAAACGAATGAGTA 20 52
G Spike_ 23403_ A to G Spike_1_F CGTGATCCACAGACACTTGA 20 228 54.6
Spike_1_R CCCTATTAAACAGCCTGCAC 20 53.6
GH NS3_ 25563_G to T NS3_ 2_F CAAGGTGAAATCAAGGATGC 20 207 51.8
NS3_ 2_R CAACAGCAAGTTGCAAACAA 20 52.6
GR N protein 28882_G to A N protein_1_F AGGAACAACATTGCCAAAAG 20 231 51.7
N protein_1 R TGTTGGCCTTTACCAGACAT 20 54.2